انتقد السفير الإسرائيلي في الأمم المتحدة داني دانون قرارات اليونسكو وخاطبها قائلاً "إفعلوا ما شئتم"، بحسب ما نقلت عنه وسائل إعلام إسرائيلية.ووصف دانون قرار اليونسكو بشأن القدس مرتين "بالمثير للجدل"، مؤكداً أن (إسرائيل) تعتزم ترك المنظمة في نهاية العام.

وكان وزير التربية والتعليم الإسرائيلي نفتالي بينيت أعلن في 16 تشرين الأول/ أكتوبر 2016 تعليق كل نشاطمهني (لإسرائيل) مع منظمة اليونسكو على خلفية اتخاذها قراراً ينفي أيّ علاقة تاريخية لليهود في مدينة القدس.

المجلس التنفيذي لليونيسكو كان أقرّ بالإجماع في 8 تموز/ يوليو 2017 جميع القرارات المتعلقة بفلسطين خلال اجتماعه في باريس.

ويطالب مشروع قرار حول المسجد الأقصى (إسرائيل) القوة المحتلة، "بإتاحة العودة إلى الوضع التاريخي الذي كان قائماً حتى أيلول/ سبتمبر من عام 2000، إذ كانت دائرة الأوقاف الإسلامية الأردنية، السلطة الوحيدة المشرفة على شؤون المسجد". كما يطالبها بوقف انتهاكاتها بحق المسجد. 

ومن ضمن القرارات التي صادق عليها المجلس التنفيذي لليونسكو القراران اللذان ينصان على أن الحرم الإبراهيمي في الخليل ومسجد بلال بن رباح في بيت لحم هما جزء لا يتجزأ من فلسطين المحتلة.

هذا وتدين القرارات أيضاً إقامة جدار الفصل العنصري، واتخاذ أي خطوات أخرى هدفها تغيير طبيعة ومكانة وتركيبة فلسطين المحتلة من الناحية الديمغرافية.