من المتوقع أن تصل ميزانية الشاباك والموساد للعام 2018 إلى 8.6 مليار شيكل، ما يعني ضعف الميزانية التي كانت قبل 12 عاما.وتشير التقارير الإسرائيلية إلى أن الميزانية ارتفعت بنحو 10% مقارنة بما كانت عليه في العام 2017، حيث وصلت إلى 7.830 مليار شيكل. علما أنها كانت 7.5 مليار شيكل في العام 2016.

يشار إلى أن الميزاينة لا تشمل مخصصات التقاعد للشاباك والموساد، والتي تقدر بنحو مليار شيكل سنويا، علما أنه تم دفع 938 مليون شيكل كتقاعد في العام 2015.

وبحسب معطيات وزارة المالية فإنه لا يوجد فصل بين ميزانية الشاباك بين ميزانية الموساد، ولكن ميزانية الشاباك أكبر، كما أن جهاز الشاباك أكبر.تجدر الإشارة إلى أنه في فترة ولاية بنيامين نتنياهو، كرئيس للحكومة، ارتفعت ميزانية الجهازين بشكل ملحوظ. ففي العام 2006، عندما كان إيهود أولمرت رئيسا للحكومة، وصلت الميزانية إلى 4.3 مليار شيكل. ومنذ ذلك الحين بدأ الارتفاع التدريجي في الميزانية. وعندما دخل نتنياهو إلى مكتب رئيس الحكومة في العام 2009، كان ميزانية الجهازين تصل إلى 5.24 مليار شيكل.

ونقلت صحيفة "هآرتس" عن مسؤولين مطلعين قولهم إن الزيادة الأساسية في الميزانية كانت في ميزانية الموساد.وأشاروا إلى أن رئيس الموساد، يوسي كوهين، يحظى بثقة نتنياهو، ويسمح له الأخير بزيادة حجم الجهاز. وأن التوسيع في مبنى مقر الموساد  يشير إلى أن الهدف هو استيعاب موظفين آخرين.وتشير التقارير إلى أن الزيادة الأساسية في الجهازين كانت في مجالي التكنولوجيا والحرب الإلكترونية (السيبرانية)، حيث ينافس الجهازان الشركات المدنية الكبرى على موظفي الهايتك، ويقترحون عليهم رواتب عالية.

يذكر أن إسرائيل أخفت لسنوات طويلة ميزانية الشاباك والموساد عن الجمهور، وكانت تنضاف في السابق إلى ميزانية الأمن، رغم أن الجهازين يتبعان لمكتب رئيس الحكومة.وفي إطار الصراع على ميزانية الأمن في الولايات السابقة، حين أشغل يائير لبيد منصب وزير المالية، ودان هرئيل منصب المدير العام لوزارة الأمن، تم الاتفاق على إخراج ميزانية الجهازين من ميزانية الأمن، وتظهر في ميزانية عامي 2017 و 2018 تحت عنوان "مصاريف أمنية مختلفة".

إلى ذلك، وفي حين أن ميزانية الأجهزة السرية لم تعد خفية، فإن إسرائيل تمتنع عن نشر تكلفة تفعيل المفاعلات النووية في ديمونا وشورك، والأجهزة المرافقة لها، وتسمح بالنشر عن رواتب العاملين في المفاعلات، والتي تصل غلى 1.2 مليار شيكل.أما ميزانية اللجنة للطاقة الذرية فتصل إلى 147 مليون شيكل.