كشفت مصادر إعلامية عبرية، أن رئيس جهاز المخابرات الإسرائيلية "الشاباك" أشرف شخصيًا على عملية مطاردة الشهيد محمد الفقيه على مدار شهر كامل، وقاد عملية الاغتيال مع ضابط رفيع في الجيش من داخل غرفة عملية خاصة كانت تصل إليها صورة حية ومباشرة تبثها ثلاث طائرات استطلاع.

في الساعة التاسعة مساء من يوم الثلاثاء الماضي، تقاطعت معلومات استخبارية وصلت من عدة مصادر إلى "الشاباك" تشير إلى أن محمد الفقيه يتواجد في بيت مكون من ثلاث طبقات في بلدة صوريف، علماً بأن مثل تلك المعلومات أشارت خلال الأسابيع الماضية إلى ثلاثة أماكن يتواجد فيها محمد وفي كل مرة يكتشف الشاباك بعد محاصرة تلك الأماكن أنه غادر المكان بسلام.

على الفور بعد ورود المعلومات، صدرت التعليمات من غرفة العمليات الخاصة التي تدير عملية مطاردة محمد إلى القوات الخاصة بالجيش والشاباك بالتأهب لتنفيذ عملية الاغتيال. دخل تباعا لغرفة العمليات رئيس الشاباك نداف ارغمان ونائبه وقائد منطقة الخليل والضباط المسؤولين عن دورا وصوريف، برفقة اللواء روني نويمان قائد المنطقة الوسطى بالجيش الإسرائيلي المسؤولة عن فرض الاحتلال بالضفة الغربية.

بالاضافة لطائرة الاستطلاع التي كانت تحلق في سماء صوريف ومراقبة المنزل الذي يتحصن فيه محمد الفقيه، صدرت أوامر بمغادرة طائرتين إضافتين أقلعتا من قاعدة بدأت الصور تتدفق من الميدان لثلاث شاشات كان يتابعها ارغمان ونويمان ومساعديهما.

الخيط الأول الذي أدى لاكتشاف هوية أعضاء الخلية التي يقودها محمد، توصل إليه الشاباك بعد العثور على السيارة في شارع عين سارة بالخليل بعد ساعات من تنفيذ الهجوم، وهو نفس الشارع التي نُفذت العملية فيه وأدت لمقتل حاخام، وبعد يومين تم اعتقال سائق السيارة محمد عمايرة 38 عامًا وهو من بلدة دورا. عمل ضباط الشاباك على مدار الساعة بالتعاون مع خبر نظم المعلومات بالجهاز للكشف عن مكان تواجد محمد الفقيه الذي اعتقل في السابق بسبب انتمائه لحركة الجهاد الاسلامي ونفذ الهجوم على عاتقه الشخصي.

تم تحليل الكثير من سجلات كاميرات الحراسة التي تم الحصول عليها من أصحاب المحال الفلسطينيين على مداخل قرى دورا يطا والظاهرية والسموع بطرق عديدة، بالإضافة لتحليل الالاف من المكالمات الهاتفية لأشخاص كانوا على علاقة بمحمد خلال العام الاخير.

الشاباك اعتبر أن محمد قنبلة موقوتة قد ينفذ هجوما في اي لحظة. التحقيقات التي نفذها الشاباك توصلت إلى أن محمد اعتمد على اقاربه بالإختباء بعد تنفيذ الهجوم، فقرر الجيش ممارسة ضغوط على أسرة وأقارب محمد من أجل دفعه تحت الضغط لارتكاب خطأ. في الساعة التاسعة مساء من يوم الثلاثاء الماضي اكتمل حصار المنزل المكون من ثلاث طبقات وأحاط قناصو الوحدات الخاصة بالمنزل ومقاتلي وحدة كفير

وصلوا الى المكان بالجيبات وناقلات الجند لضرب حصار دائري على المنزل لمنع المتظاهرين من الاقتراب، وفي الساعة العاشرة وخمس دقائق بعد صدور الأمر من غرفة العمليات بدأ الجيش بتنفيذ إجراء "طنجرة ضغط" وخاطب أحد الضباط محمد عبر مكبر الصوت وطالبه بتسليم نفسه، فرد محمد بالنار على القوات الخاصة التي بدورها فتحت النار على النوافد وواصل محمد بالرد على النار بالنار وقذفوا المنزل بقنابل يدوية وواصل محمد إطلاق النار.

أصدر ارغمان أمرا بإطلاق صاروخ "لاو" مضاد للدروع صوب أحد النوافذ كان يعتقد ان محمد يتحصن بجواره، ولكن محمد اطلق النار مجددا. فتم إطلاق خمسة صواريخ "لاو" اخرى، وواوصل محمد إطلاق النار ولم يستسلم. بعد ذلك تم إطلاق وابل قنابل عبر قاذف M-203 ومع ذلك واصل محمد إطلاق النار صوب الجنود وتحاشى أن يكون مكشوفا أمام نيران القناصة.

قائد المنطقة الوسطى بالجيش اتخذ قرارا باستخدام "باغر" كبير لهدم المنزل على محمد في الساعة 03:30 صباحا، وبعدها لم يعد محمد يرد على إطلاق النار فتم إرسال كلب لداخل المنزل، الصور التي بثتها الكاميرات المثبة على رأس الكلب بينت أن محمد فارق الحياة.